Изменить мета+копирайты мало. Как скрипты определяют cms? По косвенным признакам - общая структура, поля комментов, регистрации, капча, вид ссылок, названия дефолтных папок, комменты в коде, файлы с указанием версий на сервере... Короче для "серьезной" маскировки придется кодеров нанимать. Возникает вопрос а надо ли, и стоит ли оно потраченных сил?
Не более 70% совпадения кода обычно, но все очень тонко..) Помимо авторских прав на саму CMS, могут быть различные патенты\права на какие то методы\фичи этой CMS ) Это если ты про юридическую законность таких манипуляций. Вообще обычно, легче написать с нуля, чем НОРМАЛЬНО переделать уже готовое