есть папка files с ней работают серверные PHP-скрипты необходимо закрыть папку от всех остальных пользователей чтобы не палить лежащие в ней файлы на данный момент в ней лежит htaccess со следующим содержанием: Deny from all Allow from 127.0.0.1 но апач будто не видит этого htaccess. Подозрение, что обработку хтацесс надо как-то включить в php.ini
Файл должен называться .htaccess (с точкой впереди). И .htaccess не имеет отношения к PHP, читайте конфиги апача (как минимум AllowOverride Limit на вашу веб-директорию).