использую file_get_contents для чтения кода страницы в контакте. Однако же код читается не полностью. С чем это может быть связано?
В программировании нету понятия страница, да еще и "использующая ajax". Вы не понимаете о чем говорите. Код, на самом, деле читается полностью, просто некоторые его части изменяются за счет js, который выполняется в браузере.
Ну потому что исходный код страницы это то что было отдано сервером в первую очередь. А вот если вы посмотрите через FireBug то сможете дае наблюдать как твам все крутится и вертится.