У меня такая проблема когда то была. Вот решение: Устанавливаешь тоталкомандер открываешь свою флешку в тотале есть командная строка например у тебя флешка под буквой F: потом вписываешь вот attrib -s -h -r -a /s /d выскочит черное окно повисит и все папки снова будут видны.
