Нужно подсунуть браузеру замену файла на сервере, чтобы он загружал этот файл, а не файл сервера. То есть, например, есть запрос /fl.swf, нужно чтобы вместо fl.swf на сервере загружался модифицированный файл с моего компьютера. При этом любые другие запросы выполнялись к серверу.
Нашёл способ. Это программа Fiddler. Функция AutoResponder. Эх, какой же ещё гугл глупый... Еле нашёл.
Если я все правильно понял то еще Intercepter-ng тоже подойдет, MITM и можешь подсовывать клиенту измененные файлы.