Если бы на Linux было бы нормальное управление аудио устройствами, то ищем нормальный аудиоредактор, с возможностью мониторинга звука с микрофона, направляем его на устройство, работающее как вход в скайп, и вешаем на микрофонную дорожку в аудиоредакторе обычный питч (Pitch). А на Windows есть Voice Changer Diamond.
Не нашел, но можно обойтись Twisted Wave / Garage Band / etc. + Soundflower. Причем, измененный голос с первой программой будешь слышать ты сам тоже.