По факту начать нужно с того что узнать NS домена можно не только через whois. Полностью скрыть NS не возможно в принципе по вполне понятным техническим причинам но затруднить обнаружение данных о том кому принадлежит домен вполне реально. Скрыть свои NS например через NS хостера и т.д. вариантов много, но все они бесполезны если желающий узнать твои NS будет человек хотя бы с минимальными навыками системного администрирования.