Гм, может я ошибаюсь, но разве John The Ripper не для этого сделан? Типа надо только знать имя того пользователя, под которого брутишь пароль. Последнюю версию можно взять здесь - версии как под Линукс, так и под Винду http://www.openwall.com/john/
Как ты сам только что процитировал, единственный тип MD5-хешей которые обрабатывает JTR это FreeBSD MD5-based. Их он кушает и с солью и без. Обычные MD5 он не берет. Ищи по форуму, где то здесь был перловый скрипт для соленых хешей vBulletin, может он тебе подойдет.