Если приложение написано с использованием .NET(как я понимаю), то тебе поможет Simple Assembly Explorer + знание IL-опкодов .
декодером и найти. лучше вам написать самому простейшую прогу C/ASM, и ТурбоДегаггер покажет адреса вызова Win .dll DLL export view
А обычными редакторами ресурсов пробовали? (Restorator, Resourse Hacker).. Код вы ими не исправите, но MsgBox убрать сможете. Визуально - все что угодно.