в автозагрузке дофига всего накописось и msconfig не всё отображает, как ещё можно запрещать некоторым прогам попадать в автозагрузку ?
ветка реестра: HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run всё что в msconfig обычно там, оттуда только удалить, запретить как уже сказали выше, скорее всего не получится.