На github.com все репозитарии в открытом доступе. Нужно: Правим файлы,шифруем,заливаем на github.com в открытый доступ, командой git push origin master (из консоли). На сервере, на котором сайт, заливаем файлы с github.com, git pull origin master, и на ходу расшифровываем. Чем это можно реализовать?
Частично решено, исходные коды проектов можно хранить на teamworkpm.net , под https соединением обмен идет и сервис бесплатный на минимальном тарифном плане.