Апач вроде как 2.2, по крайней мере в httpd.conf ссылка на http://httpd.apache.org/docs/2.2/. Система CentOS release 6.5 (Final). Все виртуальные хосты в папке /var/www/vhosts. Мне очень интересно как они туда попадают. Шаблонов <VirtualHost> нигде не вижу, какие еще варианты могут быть?
ps axfuw потом на процесс httpd -D и там видно как собран бинарник и где лежат конфиги либо man httpd
Скорее всего они генерируются автоматически с помощью модуля. Разбирается запрос, по имени сервера ищется директория, по владельцу диры, запускается процесс.