Hi не совсем понимаю соответствие пользователей MYSQL и OS. вот у меня доступ в базу под рутом, этот рут идентичен руту в ос? всегда ли я могу записать файл под root(sql) пользователем?
Нет. Под ОСью свой рут под Мусклом свой. Имея рут под Мусклом - ты в целом имеешь права, которые ему выданы. Если его запускают от имени рута - то тогда получишь рутовые права, но таких дебилов не много и шансы найти такового стремятся к нулю Скорее всего права порезаны и возможно сильно. Т.е. имеешь ты доступ только что к папочке www и там можешь разделять и властвовать. А кучу остального (включая sudo) тебе возможно нельзя делать. Как-то так.
Возможно. Если сайт работает только с БД - ему незачем писать что-то в www, соответственно доступ на запись может быть только к папочке с этой БД.