У меня похожая тема была: Какая-то дюже новая материнка BioStar, заточенная под SATA, но для обратной совместимости существовал 1 IDE разъём. При попытке ставить винду на IDE-винт, система вылетала в BSOD на стадии проверки оборудования в графической стадии установки... Я что сделал, взял IDE-шные дрова с компакт-диска для материнки, записал на дискетку и подсунул их винде c дискетки - всё заработало... Ты тоже так попробуй...
Неоднократно проведённое вскрытие показало, что разница есть ! К тому же, не будем забывать, как Винда любит раскидывать файлы по винту, создавая проблемы всевозможными фрагментами... Так что ИМХО не согласен...